La directive du 21 mai 1992, dite directive « Habitats », a pour objectif la conservation des habitats naturels de la faune et de la flore sauvage. Elle prévoit la création d’un réseau écologique européen de Zones Spéciales de Conservation (ZSC), qui avec les Zones de Protection Spéciale (ZPS) de la directive « Oiseaux », forment le réseau Natura 2000 (article 3).
Le but est qu’en protégeant des habitats naturels, la protection des espèces qui y sont présentes soit assurée. Les États Membres doivent empêcher la détérioration de ces habitats ( article 6.2). Un projet n’ayant pas pour but la gestion ou la protection du site doit faire l’objet d’une évaluation environnementale, et si l’impact du projet est trop important, il ne saurait être autorisé, sauf dérogation exceptionnelle pour des raisons impératives d’intérêt public, comme un bénéfice économique et social vital ou un bénéfice environnemental indirect. (article 6.4)
L’annexe 1 de la directive liste les habitats naturels ou semi-naturels d’intérêt communautaire, comme des sites présentant des caractéristiques remarquables ou en danger de disparition dans leur aire de répartition naturelle. Quant à l’annexe 2, elle liste des espèces de faune et de flore d’intérêt communautaire, pouvant être en danger d’extinction ou rares. La chasse ou la pêche de ces espèces au sein des États membres est règlementée, voir interdite.